Истоки Афипса - на северо-западном склоне лесистой горы Афипс (738 м), сложенной известняками, глинистыми сланцами, мергелями меловой системы. Река пересекает куэстовую гряду,  течет по предгорной равнине и направляет свои воды через Шапсугское водохранилище в р. Кубань у аула Афипсип, проделав путь в 96 км. Река принимает притоки. Площадь водосборного бассейна - 1380 км2. В его пределах образует широкие красивые долины.

Афипс в своем верхнем и среднем течениях мелководен, ниже впадения в него Шебша - глубоководен. Водный режим паводочный. Расход воды колеблется от 0,005 до 272 м3/сек. Среднегодовой расход невелик - 4 м3/сек. За год в р. Кубань выносит 130 млн. м3 воды и около 50 тыс. т наносов. В бассейне имеются минеральные источники. Минерализация афинских вод изменяется вдоль течения от средней до повышенной (300-600 мг/л), но по весу преобладают гидрокарбонатные и сульфатные ионы, а также ионы кальция.