В пределах республики расположено нижнее течение р. Псекупс с истоком на юго-западном склоне г. Агой (995 м).

Собирает воды с площади в 1430 км2 и, проделав путь в 146 км, впадает в Краснодарское водохранилище. Долина в горной части бассейна узка и покрыта лесами, течение быстрое.

Прорвавшись сквозь Волчьи ворота между куэстовыми хребтами Котх и Пшаф, Псекупс расширяет свою долину и плавно течет мимо невысоких, покрытых дубовым лесом холмов. Уровни воды в реке и ее расходы изменяются в течение года. Среднегодовой расход составляет 15 м3/сек, выносит в водохранилище около 0,5 млрд. м3 воды и около 90 тыс. т взвешенных наносов. Ледяной покров Псекупса неустойчив. В теплые зимы ледостава вообще не бывает, но обычная средняя  его продолжительность - 1-2 месяца.

В бассейне реки много минеральных источников разного химического состава: сероводородные, соляно-щелочные, йодо-бромистые и др.